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clustal序列比對教程

時間:2019-11-15 17:20:51  作者:無名  瀏覽量:51

發表論文當然需要一些質量高的圖片,那么如何將ClustalX序列比對的結果轉化成比較漂亮的圖片呢?小編在此搜集了一個還不錯的教程,分享給大家。
多序列比對在分子生物學中是一個基本方法,用來發現特征序列,進行蛋白分類,證明序列間的同源性,幫助預測新序列二級結構與三級結構,確定PCR 引物,以及在分子進化分析方面均有很大幫助,Clustal W(Dos版本)很適合這些方面的要求,Clustal X是window版本。
用Clustal比對后的序列,有時候我們需要轉為圖片放在文章作詳細方析,但大部分人的方法都是直接截圖,這樣的后果就是圖片一點都不美觀。如果你是想要發表文章或其它比較重要的用途,圖片的質量還是需要高一點的。
今天教大家如何把ClustalX的結果轉為漂亮的圖片的方法,你可以根據需要設置每一行顯示的字母數,是黑白的還是彩色的,夠酷吧。先來看個效果圖吧。
clustal序列比對教程
clustal序列比對教程圖一
這里需要用到兩個軟件 ,一個是Clustal X,這個就不用說了。這時相信你已經有了clusalX序列比對后的結果,有兩個文件,一個是.aln文件,存放多序列比對的結果。一個是.dnd文件,根據需要,可以轉為系統發育樹圖,這個就不在今天的教程內了,有需要以后可以講,-:)。
現在重點講另一個軟件 ,DnaMan。DNAMAN美國Lynnon Biosoft公司開發的高度集成化的分子生物學應用軟件,幾乎可完成所有日常核酸和蛋白質序列分析工作,包換多重序列對齊、PCR引物設計、限制性酶切分析、蛋白質分析、質粒繪圖等。
1,打開DnaMan,依次打開“文件/打開指定的/多重比對”,載入Clustal X比對后的.aln文件
clustal序列比對教程
clustal序列比對教程圖二
2,點擊options,參數設置,在這里,你可以設置每行顯示的序列,是否顯示一致序列,彩色或黑白等。
clustal序列比對教程
clustal序列比對教程圖三
clustal序列比對教程
clustal序列比對教程圖四
3,點擊Output,輸出為圖形文件,這樣子就大功告成了,如果還不滿意,可以在參數設置進行微調,直到你滿意為止。這里需要注意,每次輸出圖片都要命名為不同的文件名,好象不會覆蓋,這個比較奇怪。深色部分表示完全匹配的堿基,淺色為部分匹配。
clustal序列比對教程
clustal序列比對教程圖五
以上就是clustal序列比對教程。

ClustalX 1.83 官方版

ClustalX圖片
  • 軟件性質:國外軟件
  • 授權方式:免費版
  • 軟件語言:英文
  • 軟件大小:502 KB
  • 下載次數:731 次
  • 更新時間:2019/11/15 10:24:40
  • 運行平臺:WinXP,Win7,...
  • 軟件描述:CulsTAL X是CulsSTW多序列比對程序的Windows接口。它提供了用... [立即下載]

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